Pepy II successe al fratellastro Merenra I, all'età di soli dieci anni. Anche nel suo caso, come in quello di Pepy I, probabilmente fu una regina a guidare ancora una volta il Paese, in attesa che il figlio crescesse.
Il regno di Pepy II fu molto lungo, secondo alcuni storici  non fu inferiore ai settant'anni, dal 2270 al 2200 a. C.
Pepy II mantenne i rapporti commerciali con la Nubia e si spinse fino a Byblos e nelle oasi.
La longevità di Pepy II fu un bene per i nomarchi  che ne approfittarono per acquistare maggiore autonomia all'interno delle loro province, dato  che il faraone era troppo vecchio per seguire personalmente i problemi dell' Egitto